Начинающие пользователи раскидывая вручную должны найти понимание(хотя бы мало-мальски) как построена структура энигмы,где и в каких директориях находятся модули,файлы и т.д.

У меня несколько другое видение... если я выложил на сайт то это для потребителя, а потребителю должно доставить минимум неудобств в пользовании, от установки до удаления, а так же влияние на другие составляющие имиджа и по возможности на другие приложения, т.е максимум стабильности...

PS: представляю Стив Джобс в офисе Эпл рассказывающий инженерам как пользователи будут раскидывать по папкам приложения на Мак Оси