По-моему связь легко прослеживается: 1) проблема обозначилась лишь на последней версии;
2) вот ваша собственная цитата: «..- переписан модуль NTP (синхронизация времени) cron больше не используется...»
Я же не говорю что время слетает, я говорю что иногда ( и часто ) загружается без надлежащей его синхронизации.