А если сделать так: вытащить из обновления папку VFD-Icons и обновить без неё?

Поверьте, этого делать нету смысла. В эныме от Igornord плугин VFD-Icons стандартный, от duxbox, к которому добавлен перевод. Если вы в место старого VFD-Icons поставили другой, и не важно, установили пакетом или вручную, остановили перед этим еныгму или нет, или удаляли прежний или нет, то после рестарта еныгми будет работать новый.
Но у меня подозрения что в вашей системе присутствует или другой плугин, или компонент, который выводит эту строку. Помню у одного бил плугин в extensions (вы говорите что у вас нету), может присутствует какой нибудь другой плугин, под другим названием, который это делает.