мой backup.conf
...
/var/tuxbox/config/
...

1. Нужно проверить, действительно ли при перезагрузке создается свежий /var/tuxbox/config/flex/flex_Mboot.conf, или же там остается висеть старый, из бекапа - т.е удалить этот файл, перезагрузить ресивер, и проверить - создался ли новый.
2. Судя по логу, обламывается  оно на этапе записи bootargs.
Тут в первую очередь нужно проверить наличие в /Mboot и права fw_setenv/fw_printenv (если это два разных файла).
Во вторую - добавляем в скрипт setIMG.sh (промотать вниз) строку
Запускаем Мбут из FlexMenu, и смотрим, чего получилось. Если снова ошибка в том же месте, то лог скопировать или приложить сюда.