В последнее время не могу загрузить бэкап энигмы с флешки.

Какой именно бекап (полный/только настройки), и что используется для "загрузки" бекапа? Т.е тупо флешка+кнопки на морде, или плагином Е2/Нейтрино (бекап менеджер), или плагином/консолью через Спарк?
В обоих последних случаях нужно смотреть лог консоли, в первом (восстановление полного бекап через USB силами загрузчика) - лог через СОМ порт.