Тут может также влиять и то, какая сборка установлена. Если обновлялись старые, может я упустил какие то изменения зависимого пакета, и не обновил его на фиде, по тому работает по разному.

Из опыта скажу - всего не предусмотришь. Это как в одном продукте известном (с которым волею случая приходится заниматься) прописано - обновляться строго в определенном порядке, если попробуете быть самым умным - то словите массу глюков, причем в самый неожиданный момент, и спасут только бекапы либо помощь спецов, которые слупят с вас немеряное бабло. Поэтому при частых обновлениях на фиде и невозможности обновляться часто (то есть проходить всю цепочку обновлений, задуманную автором) легко можно получить продукт который в корне отличается от того, который задуман изначально. Так что к спецам поддерживающим свой фид надо относиться с нежным трепетом.