он ведь все равно переписывается при запуске
Не при запуске, при остановке Е2. И это абсолютно нормально, хорошо видно поведение менеджера EPG на примере QuickEPG - в начале недели этот файл имеет максимальный размер, в конце - минимальный, а все потому, что при каждом выключении Е2 его перезаписывает, выкидывая из кеша устаревшие события.