Первое что приходит в голову все скрипты дублировать как кнопки с long. Одни для запуска с окном, другие без. Но если скриптов много- не удобно.
Второе для различение прописать в название какую то фразу и если такая присутствует то запускать фоне. Но тогда это будет специфическое, и многие не догадается о такой возможности.
Но я не знаю, может это уже всё присутствует в ppanel, и не надо заново изобретать велосипеда, а просто освоить её.