1. ... При этом на самой шкале отметок транспондеров нет

В режим спекторанализатора надо входить после того, как выставил нужный транспондер в окне поиска. Тогда будет отображаться нужный фрагмент спектра, который при желании можно расширить (но это необязательно, появляющиеся при настройке горбы и в предложенном режиме обычно хорошо видны).

2. Увидел ряд пиков, которые не смог привязать по шкале к определённому траспондеру. Это я ошибся или там что-то..?

Да, там может быть "что-то". Иногда нажатие белой кнопки Инфо на пике может считать данные транспондера и даже вещателя (и идентифицировать спутник), но может и зависнуть наглухо. У нас в Сибири спутников немного, поэтому я нужный спутник обычно по рисунку уже узнаю (особенно 75E, очень характерный). При уверенных пиках можно попробовать выйти в окно поиска, и если это оказался не выбранный транспондер (шкалы качества нет), то попробовать сменить спутник на соседние - вдруг какой-то подойдет, будет ясно, куда дальше крутить.

3. Включил спектроанализатор Т2 (качество и уровень сигнала по шкале при этом был близким к 100%) прошивка 1.29 вижу пустую шкала и прямоугольник Малевича. В чём я не прав?

Неправы прежде всего создатели прибора. С Т2 он работать не умеет, кроме как каналы показать, ну и измерить уровень, причем весьма криво (как я описал выше).

4. По чём лучше находить спутник предварительно - по шкале с транспондерами или по спектроанализатору?

Изначально искать по спектру, потом уходить в окно поиска (FIND) и искать не по шкале, а по уровню в дБ. Учитывая, что разработчики не хотят добавить десятые доли, добиваться максимума интуитивно - например, если при подкручивании  антенны удалось увидеть цифру 88 дБ (это просто пример, зависит от спутника, конвертора и длины кабеля), то добиваться при затягивании, чтобы устойчиво стояло на 88 дБ и не срывалось на 87,  или даже наоборот, подрывалось выше, на 89 (также можно контролировать это на значении сигнал-шум, там есть десятые, но нужно учесть, что там данные пишутся с задержкой в несколько секунд).
Ибо потеря в невидимых десятых почти целого децибела - существенная профессиональная небрежность (например, это означает достигнутый сигнал-шум 10.8 вместо возможных 11.7), очень жаль, что разработчики этого упорно не понимают.