По моему на тест также может влиять загруженность ресивера а также работа с другими разделами hdd в данный момент. Думаю гоогле вам быстро выдаст примеры теста чтения файлов нужной величины.
Но и без этого по моему видно что хотя кажется что ext работает немножко быстрей, кардинальных отличий скорости между fat и ext нету.