Наиболее правильно - удалять штатным деинсталлятором. То есть - имидж должен быть максимально пустым, то есть обладать только минимально необходимым функционалом. Все остальное - ставиться с фида разработчика. Да, 95 % плагинов держатся в одном месте, в одной папке. Но есть размазанные плагины. То есть часть плагина может затрагивать совсем другие части имиджа. Вернее будет говорить ддаже не плагин, а компонент системы. Тот же скин - это по сути один из компонентов системы. Скин может за собой подтащить по зависимостям необходимые конвертеры-рендеры. Затем при штатном удалении (через менюху) вы не сможете удалить например компоненты скина необходимые для секина (рендеры-конвертеры) пока не удалте сам скин. И это правильно. Другое дело, что с одной стороны - создатель имиджа сам определяет необходимость включения тех или иных компонентов в свое творение. С другой стороны - пользователю надо чтобы было сразу все. Насколько я знаю - в этом направлении идет schpuntik при создании Ar-P. Я вам по секрету скажу - в следующем имидже Ar-P по умолчанию на фиде будет около 40 плагинов, причем часть из них действительно востребована. Количество скинов я не смотрел, но наверное тоже прилично. Но там разруливать зависимости - та еще работа. Я не углублялся в подробности, хотя наверное прийдется -)))
P.S. Там еще вкусности будут помимо этого. Надеюсь военной тайны не выдал -))))