Поляризация переключается путем изменения напряжения питания конвертера с 13В (вертикальная) на 18В (горизонтальная). У тебя и мотор, и конвертер с двумя выходами - все это потребляет энергию... Возможно, что при переключении, напряжение питания не достигает уровня 18В. Попробуй в настройках реса поменять режим питания 13/18В на 14/19В. Попытайся измерить вольтметром, изменяется ли напряжение и как именно.. Проверь все электрические соединения, может где переходные сопротивления высокие...
PS: сдвоенные конвертеры, особенно высокочувствительные, дорогие, могут потреблять очень и очень приличный ток. Когда у меня была тарелка с мотоподвесом и таким конвертером и питалась все это от спутниковой карты для ПК - то срабатывала защита по току в случае если на вторую половину конвертера не поступало питание. Второй выход мне тогда был временно не нужен и я просто запитал его 12 вольтами.