Coldfire
Если прога рес увидела то это уже хорошо. Ещё раз проверь контакты и правильность соединения.
Возьми другой файл - просто файл родной прошивки.
Главное прошить а потом свои каналы возьмёшь из бэкапа.
Галку обновить бутлодер не ставь.Полключай рес, дружи прогу, рес и файл , потом жми NEXT...
Сначала эта прога будет долго загружать прошивку в память реса, затем спросит тебя продолжить и нажмёшь на  NEXT второй раз.
Только после этого начнётся прошивка. В это время ничего не трогай и жди когда рес сам перезагрузится....

я так понял, что с разъема ком-порта 2-ой контакт - это самая верхняя ножка, 3-й - это 3-я ножка, а 5-й контакт - это 4-ая ножка, правильно ?

На компе должны быть подписанны цифрами контакты RS-232 разъёма, а в ресе как на фото.
Но если прога увидела рес то всё нормально, тут возможно что-то с твоим файлом не так...или...ну вобщем проверяй...