Как это удалить то что не нашли?

Нет. Это удалить из существующего списка каналы, которые не обнаружились при поиске.

В таком случае проще перед сканированием удалить все каналы с транспондера и просканировать их заново.

А можно подключится по ftp, удалить файл каналов, а потом пересканировать. Но мучает вопрос. Зачем делать лишние операции которые ресивер может сделать за Вас? Разве это не оптимизация логики? Разве это плохо? Посмотрите в сторону мобильных платформ типа Android. Устройство c "пол клика" понимает что от него хотят и сразу это делает. Может спарку стоит развиваться так же? Задумайтесь.