Этому разговору много лет, давно это всё обсудили.
Десять лет назад я именно с этого вопроса и начинал

Пару раз обжегся и навсегда исключил для себя такой вид обновления. Но и онлайн я не обновляюсь. Я вообще не любитель постоянно ставить новые версии. Ставлю пару раз в год новую версию в следующий слот, когда она уже является стабильной и так по кругу. Ни разу не заметил проблем или крешей при таком подходе.
Вот посчитал в Энигме2 чуть меньше 100000 файлов, какие то обновили, но они оказались не совместимыми с другими, отследить это трудно, отсюда и проблемы, поэтому выпустили готовую работоспособную сборку - ее и ставить начисто.
Я недавно делал программу, которая по расписанию копирует на флешку и даже отправляет в ресивер по ftp все более менее важное: списки каналов, эмуляторы, скрипты и их конфиги, конфиги и скрипт astra-sm и ее саму, конфиги epgimport, драйвера, еще что то... При включенном ресивере у меня это происходит каждые три часа. Даже если с имиджем что случится, восстановить оттуда дело нескольких минут. Риск потери этих данных минимален.
Так же я предлагал перенести на флешку все эмуляторы с конфигами, тогда для нового имиджа эмуляторы ставить вообще не нужно, а только скопировать предварительно сохраненный скрипт запуска эмулятора в нужное место и все снова заработает, это даже быстрее, чем я говорил.
Как передать списки каналов понятно, а вот перед отправкой в ресивер файла satellites.xml энигму нужно остановить, а потом снова запустить.
Чтобы не мучиться с настройкой LNB, нужно так же остановить энигму и из сохраненного ранее файла settings перенести (заменить) в такой же файл в ресивере все, что начинается на:
config.Nims...... таких строк может быть много, в зависимости от количества LNB, сохранить, запустить энигму и все начнет показывать.
При таком подходе настройка нового имиджа с ноля без потери ваших конфигов занимает минимум времени.