Как-то непонятно, зачем тогда он в пакетах при обновлении...
Потому что процессс имиджа сборки автоматический,номер пакету будет присвоен другой и opkg видит,что версия пакета более новая и устанавливает его.
Читайте лог гита и обновляйтесь,когда это действительно надо.