Вопрос в следующем:"Здесь прочитал, что лучше перепрошиваться через СОМ-порт, а не через USB, дабы исключить ошибки в файловой системе, так ли это?"

Так или не так, это гадание на кофейной гуще.

Чудно все прошивается через USB много-много раз, без каких либо ошибок. Через ком шью только в том случае если нужно сделать откат.

Главное чтобы свет не вырубался. 

А что лучше каждый делает выбор сам. Я его давно сделала.

По поводу файла ".bak", то вместе с данными сохраняется еще и ПО.

Ну и что ПО. Одно другому не помеха.

Как бы понятней обьяснить то.....

Вот к примеру: стоит у меня прошивка такая-то, а я хочу обновиццо до последней, а список каналов новый варганить хлопотное дело, вот я сохраняю бак сейчас на той прошивке что есть, потом заливаю последнее ПО, после перезагрузки ресивера выбираю тот сохранённый бак и дальше по наклонной:

Меню => Система => Обновление через USB => Выберите свой файлик (бак - такой-то) => А в режиме обновления выберите База данных пользователя => Старт Ок => ресивер перезагрузится и готово.

То есть и ПО новое и список каналов мой родненький.

Теперь понятней?