Сброс на заводские означает лишь восстановление стандартных ("зашитых" в прошивке) файлов service.fdu и config.fdu, а содержимое папки ВАР не изменяется.
А насчет полного ручного удаления содержимого папки ВАР, то в стартовых скриптах ресивера проверяется наличие критически важных файлов и в случае их отсутствия по заранее известному пути копируются дефолтные (опять же "зашитые") файлы и система гарантированно загружается.