Может кому то пригодится.
Здесь говорилось что etc и значит старт системы изменить нельзя, но файлы etc.img и var.img обычные tar архивы. Я изменил содержимое в etc.img файла etc/init.d/rcS, и теперь при рестарте мне он грузится с моими изменениями. Значит мы можем изменить старт системы уже начиная с rcS, а не только с rc.user. Может кто то посоветуют где взять наиболее подходящий образ Енигми, которого попробовать стартовать с nfs сервера? Самому пока собрать не получилось а обичние образы по моему не подойдёт.