Допустим из образа флеши ресивера скачанного на HDD убрать файлы, которые
заставляют проверять систему на целостность и затирать изменения.

А ничего не проверяется и не затирается Закрытось данной системы состоит только в том, что нет исходников к ней в свободном доступе.
Образ той системы, что мы видим при работе ресивера монтируется в виртальный диск в RAM (оперативку если проще) из файла. Можно тупо туда изменения закачать и при старте будет вам измененная система, или вот как в этой теме уже писалось перемонтировать в систему jffs2.
Если бы какждый раз при запуске вся система переписывалась на флэш, имхо, она давно бы бэдами пошла.
Если будет смысл от загрузки с USB флэшки или HDD, а пока его нет, то недолго скрипт слепить, чтобы ОК не жать а загрузка сразу с внешнего устройства шла. Просто пока тчо незачем