Объясните, вы два рута на винт городите. Зачем родной рут нужен. В vmlinux насколько я.понимаю ссылка на hda3?

Родной не нужен, так уж вышло, что начинали с родним на hda1 и чтобы не удалять родной, параллельно ставили эксперименты на hda3. Если ставите root на hda1 то при компиляции vmlinux это укажите, или в конце batch.cfe в место mem пропишите root=/dev/hda1. Может можно вместе прописать mem=150M root=/dev/hda1 но надо смотреть как (может нужно в кавычки).