Попробуйте в настройках антенны поставить протокол 1.2

Поляризация переключается путем изменения напряжения питания конвертера с 13В (вертикальная) на 18В (горизонтальная). У тебя и мотор, и конвертер с двумя выходами - все это потребляет энергию... Возможно, что при переключении, напряжение питания не достигает уровня 18В. Попробуй в настройках реса поменять режим питания 13/18В на 14/19В. Попытайся измерить вольтметром, изменяется ли напряжение и как именно.. Проверь все электрические соединения, может где переходные сопротивления высокие...
PS: сдвоенные конвертеры, особенно высокочувствительные, дорогие, могут потреблять очень и очень приличный ток. Когда у меня была тарелка с мотоподвесом и таким конвертером и питалась все это от спутниковой карты для ПК - то срабатывала защита по току в случае если на вторую половину конвертера не поступало питание. Второй выход мне тогда был временно не нужен и я просто запитал его 12 вольтами. 

Я так поняла у Вас два реса последовательно включены?! Тогда понятна причина, если один подал 18 вольт,то на втором переключай поляризацию-не переключай ничего не выйдет. Сконфигурируйте корректно систему

Так на другом ресе Вы пишете,что работает нормально! Поляризация переключается только подачей напряжения

Еще имеет значение как подключен мотор. Первым к ресиверу должен быть подключен мотор, а уже потом DiSEqC переключатель. Или.., надо проверять соответсвтует ли токопотребление мотора в паре с конвертером току коммутации DiSEqC переключателя.

Если включаешь мотор через DiSEqC переключатель, то должен быть уверен, что переключатель потянет ток мотора и конвертера в паре. Предположим, что  мотор потребляет до 400 мА, конвертер 150 мА. 400+150=550мА, а переключатель обычно расчитан на 250-400 мА. Получится нестыковочка с непредсказуемым результатом...
Если первым идет мотор, то DiSEqC переключатель коммутирует через себя только токи конвертеров, на которые собственно и рассчитан.