непонимаю, каким боком управление эмуляторами относится к конфигурации этих эмуляторов, отделите котлеты от мух...

Если реализовать запуск эму как в ОпенПли, то будут полноценно работать ваши плагины Е-панель и микропанель, естественно кроме бекапа с Е-панели, но он может работать через запуск скриптов, а все остальные функци будут работать: установка пакетов, свап, старт эму и т.д., ну и плагины с подменой конфигов и управлениями ими по умалчанию работаю с папой /usr/keys/ и /etc/tuxbox/config/ а на 8120 чаще всего они находятся в /var/keys/
Будут полноценно работать плагины: newcamd.list switcher (переключатель newcamd.list) , QuickEmuRestart (перезагрузка активного эмулятора по одной кнопке) , ПЛи-Softcam Setup и т.д.