Попробую разъяснить "в слепую". Потому как лучше всё же лог с мотреть.

Проблема: мжкамд 1.38а, Амико Алиен 8900, после выключения на любом канале тети шуры этот же канал после включения не открывает, причем каналы, кодированные в БИСС и Крипто, открываются нормально.

Такое возможно, если мжкамд запускается раньше чем инет появляется в ресивере. И получается что мжкамд пытается конектится к серверу, а тот не отвечает. Поэтому ему нечем открывать каналы ш@ры, а те, что сключами, открываются.
Что делать в таком случае? Уменьшить параметр переподключения к серверу.

при заходе на любой канал из пакетов ХТРА ТВ и возврате на любой канал шуры мжкамд приходится перезапускать, чтоб шура заработала.
 

Вот это сложный вопрос. Можно только посоветовать попробовать другую версию. Возможно на ней не будет такого косяка.
Или просто заблокировать каид Экстры - прописать в игнор 0B0F.