Отпишусь как я решил проблему.
Проблема была не в том чтобы отформатировать флешку, а в том, чтобы разбить на два раздела и раздел предназначенный для neoboot примонтировать как media/usb. Флешку разбивал сначала acronis потом paragon в ext3. Раздел dev/sdb1 (для neoboot) на хотел монтироваться как media/usb ни с помощью менеджера монтирования из отдельного плагина, ни с помощью менеджера встроенного в noeboot. Система всегда его монтировала как media/sdb1. Помог только плагин device manager. Отформатировал флешку с помощью энигмы, разбил device manager 75%/25% и раздел примонтировался как надо.