как вариант не переписали файлы idx и rap
TSdoctor - объединяем в один файл (tsmerge с фишкой autofix) и далее mkvtoolnix перепаковываем в mkv ( прямое копирование просто в контейнер mkv, также можно указать таймкоды для обрезания )
ts кушает kmplayer - просто нужно немного подождать т.к. пересчитывает индексные (ключивые) фреймы ts файла. Как пересчитает - так покажет.