думаю самое простое решение данного вопроса - это отбивание рук, криворуким кодировщикам, и все будет хорошо показывать и звучать, а если серьезно, то надо брать файлы в провереных местах от провереных кодировщиков и проблем небудет...

Как известно, проблемные файлы зачастую начинают нормально проигрываться после прогона (без перекодирования) через ts-Muxer, ts-doctor...А вот вчера, приятно  удивила прога VideoReDo.TVSuite.v4.20.6.61! Универсальная штука - умеет всё...резать, клеить, муксить. После прохода ей, красиво стал проигрываться файл, которому не помогли эти проги.