Я тоже свой тюнер чистил главным образом по FTP. Но сначала делал копию папки PLUGIN на винт компа, а затем просто удалял эту папку с тюнера. После прошивки восстановительной прошивкой устанавливаю плагины также только через FTP. Вообщем без Total Commandera как без рук.