Флешка весьма ненадёжное место хранения важной информации(особенно тот китайский ширботреб, которым пользуется большинство, ну и сам тоже пользуюсь, потому как дёшево и сердито ), HDD гораздо лучше(особенно если диски стоят в RAID1 или RAID10 https://ru.wikipedia.org/wiki/Raid).
 Сам после бекапа сохраняю имидж с HDD ресивера на HDD компа в архив по FTP, при необходимости разархивирую и кидаю на флешку(свежеотформатированную в FAT32 с помощью утилиты: HP USB Disk Storage Format Tool - в прицепе)