Может делаю что-то не так?

Конечно, не читаешь форум прежде чем что-то делать.
И копировать в другой имидж файл settings иногда даже вредно.
А вот нужные строки ( настройка тюнера, часовой пояс, настройки плагинов ) можно.
Для того что бы скопировать нужные строки в файл settings и они потом не исчезли, нужно сначала остановит энигму2 командой init 4, через телнет.
Запуск энигма2 командой init 3, через телнет.