Вообще-то никаких хвостов не остается при перепрошивке. Вы попробуйте еще раз его перешить. А бэкап Ваш 2,0,7 может быть тоже с косяками , как Вы выразились! Просто эти косяки раньше не проявлялись. Другое дело, если бы Вы прошились чисто новой прошивкой, а потом уже установили все нужные Вам плагины и настроили бы его, как Вам нужно.