То есть, удалить эти плагины и сохранить
Если ты удалишь плагины - то и из главного меню они исчезнут сами... Если не хочешь их удалять, а хочешь просто убрать из главного меню - копай последние строчки файла
plugin.py в папке с нужным плагином..
На некоторых версиях имиджей работает плагин
MenuSort - можешь попробовать его...