удаленное сетевое хранилище должно быть в ext2 формате длч таймшифта и записи
Весьма странный вывод. Сетевой клиент и сетевой сервер "общаются" на уровне сетевых протоколов(nfs, smb, ftp), абстрагированных от файловых систем.
Поэтому скорее всего какие-то проблемы с NTFS именно на твоем NAS. Возможно он не обеспечивает должной скорости записи.