Вы слишком много привели разных слов, но в одном вы неправы, и очень сильно. Для того, чтобы можно было просканировать каталог, ему должен быть присвоен атрибут 'x', то есть правильные атрибуты для keys - 755. Точка. Советую внимательнее учить матчасть. Повторяю - не путайте атрибуты файлов в каталоге keys (у них 644) и атрибуты каталога keys.

P.S. У вас не приходила в голову мысль, что данными из keys могут пользоваться совсем другие программы??? То что mgcamd например сумеет жлстучаться до keys не обозначает, что это нужно только этому эмуля. Потом будете ломать голову над плагинами и думать - а почему не работает например какая-нибудь пли-панель для примера.