В Linux эта процедура может выполняться средствами пакета ntpdate. Соответственно, устанавливаем данный пакет:

# apt-get install ntpdate

Далее, настраиваем часовой пояс, если этого не сделано на этапе установки самого Linux или сделано неправильно:

# tzselect

Вам будет задан ряд не хитрых вопросов, которые позволят правильно установить параметры часового пояса.

Важно понимать, что это настройка для профиля. Настройка системная выполняется командой:

# dpkg-reconfigure tzdata

Синхронизация с сервером времени выполняется командой:

# ntpdate pool.ntp.org

Если все сделали верно, то на экране увидите точное текущее время, соответствующее Вашему часовому поясу.

Чтоб не заниматься каждый раз вручную синхронизацией времени, последнюю команду можно поставить в /etc/crontab с периодичностью обновления, например раз в неделю.