Ну запусти оба и там, и там -))) Там же по сути отличие только одно - при использовании плишного метода эмуль запускается ДО запуска энигмы. При использовании альтернативного - то вроде как ПРИ запуске энигмы. И еще один нюанс. Дать юзеру два способа управления эмулями одновременно - это дать гранату обезьяне, не знаешь чего ожидать -)))

P.S. Использование плишного метода приучает юзера к порядку. Там фиг сделаешь так - раскидал по папкам - и готово. А симлинки кто будет создавать??? Альтернативному пофигу - нашел эмуль - в список его. А где он там будет брать файлы конфигурации - дело десятое. А если лежат два конфига, один в /var/emu, второй в /etc/tuxbox - какой именно возьмется??? Да вопросов вообще-то и комбинаций - больше чем ответов.