А с чего вы взяли что у нас выполнится этот halt?

Потому, что
Т.е если не задан ключ "-f", то выполнится "init 0", а /etc/init.d/halt в него входит.

Кстати наиболее логично было бы вообще сделать так.

"Логично" дать пользователю выбор. Например, как сделано в последних Нейтрино-МР:
1) Есть вот такое меню
с этим шагом проще всего - меню уже есть в VFD плагине для Энигмы, максимум - чуть поправить его.
2) При завершении работы Нейтрина пишет в /tmp файл .fp_leds, в котором в зависимости от установок меню прописывается строка опций для fp_control, например - "-L 0  -l 1 -i0 -I1".
3) при выполнении "halt" запускается, в том числе, и скрипт, в котором этот файл читается, и устанавливаются нужные значения состояния светодиодов.

Может чисто конструктивно сделано так, а мы тут голову ломаем.

Да ну, в куче сборок что с диодами, что иконками (на больших дисплеях) - что хотят, то и делают.