Можно ли сделать чтобы каналы распределялись по папкам

Какие каналы и по каким папкам? Если речь идет о записи, то нет -  из Нейтрино-МР убрали эту опцию. Возможно, в других версиях/сборках она еще сохранилась.

в энигме2 сделать чтобы флешка с записанными ТВ передачами работала во всех других устройствах

Что значит "работала" - ее сейчас "в других устройствах" не видно вообще, или видно, но не воспроизводится записанное? Если второе, то проверяем настройки записи - должен записываться декодированный поток.