Alternative SoftCam Manager умеет запускать скрипты командами stop|start.
То что это скрипт а не ему он понимает если названия файла заканчивается с .sh, или начинается с softcam или cardserver.
Сделайте свой скрип который делает то что вам надо, положите в папку вместе с другими эму, и управляете им также, как другими эму.