эта флешка потом будет нормально работать в виндоусе7 и работать transmission, скачивать файлы больше 4 Гб???

Будет, если в винде установить драйвер для работы с ext2/3/4.
Ограничение на размер файла в ext3 - 4 терабайта. Для флешек это пока некритично.
Ну а вообще ИМХО ext3 для флешки не особо подходит. Лучше использовать ext2. Дело в том, что ext3 журналируемая файловая система, что конечно очень здорово при восстановлении ценных данных после сбоя, но совсем не здорово для флешки, поскольку вся записть идет через журнал и количество операций записи неоправданно возрастает.
Ext2 не пишет журнал и меньше "насилует" флешку, но при выдергивании флешки "на ходу" или при сбое питания с большой вероятностью рассыпется. С другой стороны своп, кросс ЕПГ, и пара-тройка недокачаных торрентом фильмов на флешке врядли представляют большую ценность, чтобы в случае сбоя возиться с их восстановлением. В общем выбор за вами.