при помощи программы irrecord пакета lirc. К минусу данного способа можно отнести то, что нужно паять самодельный ir приемник

Что мешает запускать irrecord прямо на ресивере? Паять ничего не придется.

Видимо в режиме полного выключения (когда ресивер только на дежурном питании) первоначальное обращение происходит к другому файлу

В режиме "полного выключения" ресивер не знает ни про какие "файлы" вообще, т.к ОС еще не загружена - чего там в EEPROM фронт-контроллера зашито, на то он и реагирует, т.е  слать нужно именно "родную" комбинацию. Так что можно даже "не копаться" - если какая-либо из кнопок "чужого" пульта шлет комбинацию, аналогичную "POWER" для "родного" ПДУ, то будет включаться, иначе - нет.