Проверять можно, но начиная с нового ядра - lighttpd вроде исключили из использования. Значит конфликт может быть только с уже используемым неоригинальным ПО. Это не отследишь. Найдешь запущенный lighttpd - хорошо, но как узнаешь, что PHP прикручен? он уже может быть как минимум в двух конфиг файлах прописано. Так что вроде как проверку проще заменить банальной перезагрузкой после установки и исходить, что PHP не был подключен. Или анализировать вложенные конфиги на предмет фастцги без комментариев.