orlov, директория должна сохранятся. У себя проблем на OpenPLi не наблюдаю.
Правда связи особенностями выбора директорий, после того как назначили директорию в настройках перейдите на другой пункт.
Если не ошибаюсь зеленная кнопка для сохранения настоек в пункте выбора директории открывает выбор.
Настройки плагина сохраняется в файле настроек енигми. Но если у вас значения по умолчанию то настройки в файле не будет.