Рес при записи почему то разбивает записанное на две части, первая примерно 3.8 гб, вторая остаток, примерно 1.5 гб в зависимости от продолжительности HD фильма.

Это ограничение файловой системы FAT32 на размер одного файла который не должен привышать 4гб. Рес поддерживает NTFS но почему-то и там режит запись. Надо проверить может на новых прошивках это исправили,но раньше было так.

универсальное решение за один прогон - cклеить 2 .ts файла и упаковать в mkv

Тут не обязательно за один прогон. главное конвертировать и склеить. Есть большой выбор конвертеров и видеоредакторов работающих с ts и mkv, например Freemake Video Converter или TS  Doctor, редакторы для цифровых видеокамер ...выбор большой и тут кому что понравится.